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不動産と株式の価額（時価）が、取得した時よりも大きくなった場合は、その差額の値上がり部分を譲渡益とみなして（みなし譲渡益）、故人の納税義務を引き継いだ相続人（寄付を受けた法人への包括遺贈の場合は、その法人にも）に譲渡所得税がかかります。

実際に不動産等を取得しない相続人が納税義務を負うことになるので、注意が必要です。あらかじめ相続人の譲渡所得税負担分等を考慮に入れて、事前に準備されることをお薦めします。

不動産や株式を寄付財産として有効に活用してもらうためには、寄付団体や専門家との事前の調整が成功のポイントです。不動産等をそのまま活用してもらうのか、現金等に換価して事業に役立ててもらうのかによっても、大きな違いが出てきます。そのまま活用してもらう場合は、上記のみなし譲渡益が非課税になる規定、（Q「みなし譲渡課税が非課税になる場合」参照）があります。

他に、自身で財団を設立するケースも考えられます。いずれにしても時間がかかりますので、早めのご相談をお薦めします。